Основной задачей университета в области научной деятельности является развитие фундаментальных и прикладных научных исследований, направленных на наращивание инновационного и интеллектуального потенциалов региона и государства, их трансформацию в современные знания и высокоэффективные технологии.

Научно-исследовательская деятельность в МГТУ осуществляется в соответствии с приоритетными направлениями развития науки в Российской Федерации в рамках 12 отраслей: биологические науки, исторические науки, медицинские науки, сельскохозяйственные науки, социологические науки, технические науки, философские науки, химические науки, экономические науки, лесное хозяйство, рациональное природопользование, науки о жизни.

Реализация научных исследований в университете осуществляется традиционно сложившимися и состоявшимися на кафедрах научными школами, возглавляемыми учеными вуза известными не только в России, но и за рубежом.Источники финансирования научных исследований проводимых в университете достаточно разнообразны, это средства федерального бюджета и различных научных фондов, финансирование, осуществляемое региональными министерствами и ведомствами, хозяйствующими субъектами, а также использование собственных средств.

В настоящее время в рамках основных научных направлений выполняется 36 комплексных инициативных тем, прошедших государственную регистрацию. Наиболее приоритетными научными проектами для развития экономики региона и государства на сегодняшний день являются:

- в области сельского хозяйства («Изучение формового разнообразия орехоплодных, ягодных, лекарственных растении и выделение ценного генофонда для практического и селекционного использования на Северо-Западном Кавказе»; «Разработка приемов использования биологических и минеральных ресурсов Северного Кавказа для привлечения в сельское хозяйство региона»; «Мобилизация и изучение наиболее ценных видов и сортов сельскохозяйственных растений для условий предгорных и горных районов Республики Адыгея»);

- в медицине и фармакологии («Оптимизация здорового образа жизни – интегральный подход к повышению качества жизни и здоровья жителей Республики Адыгея»,«Индивидуальная защита и профилактика особо опасных инфекций», «Фитохимическое изучение интродуцентов рода JuglansL. для использования в медицинской, фармацевтической и пищевой промышленности»);

- в пищевой промышленности («Совершенствование технологических приемов производства продуктов переработки сельскохозяйственного сырья»; «Исследование антиоксидантных свойств пектиновых веществ и разработка технологии производства пектинопродуктов с высокими физиологическими функциональными показателями»; «Исследование тепло-массообменных процессов с целью создания инновационных технологий переработки сельскохозяйственного сырья и получения продуктов питания»).

На базе университета создана современная инфраструктура, представленная научно-исследовательским институтом регионального развития ФГБОУ ВО «МГТУ», в структуре которого плодотворно функционируют: 11 научно-исследовательских лабораторий, 4 научно-образовательных центра, научно-техническая и опытно-экспериментальная база и 11 учебно-научных лабораторий.

В университете ежегодно издаются  научные сборники и журналы из которых,  2 периодических научных журнала «Новые технологии» и «Вестник Майкопского государственного технологического университета» включенные в Перечень изданий ВАК.

МГТУ интенсивно развивает международное научной сотрудничество, разрабатывая совместно с зарубежными партнерами дальнего и ближнего зарубежья программы и исследовательские проекты по приоритетным направлениям фундаментальной и прикладной науки. Так в рамках европейского проекта ТЕМПУС «Образование - основа устойчивого природопользования» совместно с Ганноверским университетом, Венским университетом агрокультуры, Институтом по природным чрезвычайным ситуациям и охраны лесов в Инсбурге (Австрия) проводились полевые исследования по инженерной биологии. В завершении проекта на базе инновационной площадки МГТУ разработаны новые научные дисциплины: «Инженерной биологии», «Ландшафтное проектирование с элементами инженерной биологии», для определения введенных научных терминов разработан «Словарь по инженерной биологии», изданы учебные  и учебно-методические материалы. Финансирование проекта составило 500 тыс.евро. МГТУ по праву является основателем новой научной отрасли – инженерной биологии.

По проекту ученых экологического факультета«Изучение биоразнообразия старых черкесских садов» принятоспециальное постановление Кабинет Министров РА№ 198 от 27.05.96 г. «Об утверждении Программы сохранения и использования генетического фонда «старых черкесских садов» и дикоплодовых деревьев и кустарников на территории РА. С учетом уникальности имеющегося в регионе генофонда данные исследования имеют международное значение, а объект исследования внесен на ряду с природными объектами Западного Кавказа в список Всемирного природного наследия (под эгидой ЮНЕСКО). В университете наложены прочные деловые отношения  с Берлинским техническим университетом, Берлинским институтом туризма, немецкой службой академических обменов DAAD. НарядусGlobal SourceNet Ltd. North Caucasus Region иFriends From Abroad Inc. МГТУ является учредителем российско-американского бизнес-центра.

МГТУ активно взаимодействует и с академической наукой, представленной в регионе Майкопской опытной станцией Всероссийского НИИ растениеводства им. Вавилова, Адыгейским научно-исследовательским институтом сельского хозяйства Российской академии сельскохозяйственных наук, Адыгейским филиалом государственного научного учреждения Всероссийского научно-исследовательского института цветоводства и субтропических культур Российской академии сельскохозяйственных наук, Кавказским государственным природным биосферным заповедником и многими другими. Ведущие ученые университета являются членами республиканских научных экспертных советов, специализированных советов РАН, Технологической платформы «Технологии пищевой и перерабатывающей промышленности АПК – продукты здорового питания», входят в состав Федеральных реестров при Министерстве образования и науки РФ.

Традиционно в университете проводятся международные и всероссийские научные конференции, в которых принимают участие студенты, аспиранты, представители российских вузов и вузов стран ближнего зарубежья, а также ученые из Германии, Великобритании, Австрии.

Ежегодно на выставках различных уровней вуз представляет достижения в области образовательных технологий, науки и творчества. В числе наиболее значимых: Международная туристская выставка «Intourmarket», МВЦ «Крокус Эксро» (г. Москва); Архитектурно строительная выставка (г. Краснодар); Выставка образовательных технологий и услуг, РАЕ (г. Москва);  Выставка в рамках Фестиваля русской речи иностранных студентов вузов России (г. Воронеж).

Майкопский государственный технологический университет с 2013 года является площадкой Всероссийского Фестиваля науки NAUKA0+, благодаря чему Республика Адыгея появилась на карте Фестивального движения. Организаторами Фестиваля выступают министерство образования и науки Российской Федерации при поддержке Московского государственного университета им. М.В. Ломоносова. На площадке вуз  демонстрирует результаты разработок ученых и студентов по самому широкому спектру научных исследований – от исторической реконструкции старых черкесских садов, инновационных биоразлагаемых пленочных структур и этностиля в современной одежде до технологий производства функциональных продуктов питания, фитодизайна и методов безопасности при операциях с денежной наличностью.

В МГТУ большое внимание уделяется научному творчеству молодежи. Члены студенческого научного общества участвуют в открытых конкурсах на лучшую студенческую работу Министерства образования и науки РФ, во всероссийских и международных студенческих олимпиадах и научных мероприятиях (Всероссийские конкурсы «Моя страна – моя Россия» и «Моя законотворческая инициатива», Международная студенческая олимпиада «Предпринимательство и менеджмент», Всероссийский конкурс научно-исследовательских работ патриотической направленности среди учащихся и студенческой молодёжи «Юность. Наука. Культура», международные и всероссийские конкурсы дипломных работ).

В целях стимулирования научно-исследовательской деятельности студентов, вовлечения их в научный процесс, а также эффективной поддержки наиболее значимых проектов, в университете проводится конкурс на соискание грантов ректора университета. Научно-исследовательские работы студентов номинируются по четырем направлениям: технические науки, медицинские науки, гуманитарные науки, естественные науки.

МГТУ является официальной региональной площадкой конкурса инновационных проектов «У.М.Н.И.К», где проводится отбор научных разработок ребят со всех образовательных организаций Республики Адыгея.